Thông tư 21 được ban hành nhằm thống nhất tất cả các quy định liên quan đến lĩnh vực bảo vệ thực vật được quy định tại các văn bản trước đây, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp, cơ quan quản lý trong việc tham chiếu thực hiện quy định của Nhà nước.
Thông tư 21 thống nhất và tập hợp rất nhiều các quy định về quản lý nhà nước liên quan đến thuốc bảo vệ thực vật, tiêu biểu như các quy định chung về đăng ký thuốc Bảo vệ thực vật (thuốc BVTV); Nguyên tắc chung về đăng ký thuốc BVTV; Các loại thuốc BVTV không được phép đăng ký ở Việt Nam; Thuốc BVTV bị loại khỏi Danh mục; Hình thức đăng ký và đưa ra các nguyên tắc chung về cấp Giấy phép khảo nghiệm thuốc BVTV cũng như quy định về hồ sơ, trình tự, thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV; Nguyên tắc chung về thực hiện khảo nghiệm thuốc BVTV; cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất thuốc BVTV.
Đặc biệt,liên quan đến Hệ thống quản lý chất lượng đối với các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh thuốc BVTV, tại Điều 28 - chương IV quy định về Hệ thống quản lý chất lượng quy định:
Trường hợp cơ sở sản xuất mới hoạt động phải xây dựng và áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008 hoặc tương đương.
Trường hợp cơ sở đã hoạt động từ 02 năm trở lên, phải có hệ thống quản lý chất lượng được công nhận phù hợp ISO 9001:2008 hoặc tương đương…
Cơ sở sản xuất phải có phòng thử nghiệm kiểm tra chất lượng sản phẩm đã được công nhận phù hợp ISO 17025 hoặc tương đương để kiểm tra chất lượng thuốc bảo vệ thực vật đối với mỗi lô sản phẩm xuất xưởng, Trường hợp không có phòng thử nghiệm thì phải có hợp đồng với phòng thử nghiệm đã được công nhận ISO 17025.
Liên quan đến việc công bố hợp quy sản phẩm, Thông tư 21 (Điều 50) quy định rõ căn cứ để chứng nhận hợp quy, công bố hợp quy về thuốc bảo vệ thực vật là các chỉ tiêu kỹ thuật được quy định trong Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia (QCVN), Tiêu chuẩn quốc gia (TCVN); Các tiêu chuẩn cơ sở (TCCS) của Cục Bảo vệ thực vật do Cục Bảo vệ thực vật công bố hàng năm.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 8 năm 2015.